清道光十二年(1832)岁贡生。幼年读书成癖,父病数年,衣食盥洗,必亲自服侍。道光十四年(1834)赴乡试,母突病去世,驰归恸绝,发誓不再应考。终生治学,博览经史诸子百家,斟酌今古,不拘门户之见。30岁后精研《论语》,40岁后考究历代典章制度。50岁后专治《尚书》、《春秋》,60岁后喜读《易经》,暮年更爱言礼,以“礼可以怡情,可以淑性,可以定命”。
梁启超谓有清一代经学,唯(黄)式三一人而已。道光二十年英军侵占定海,式三迁居镇海县海宴乡黄家桥,仿韩愈作《五箴》,讽谕当局,警惕外国侵略野心。同治元年(1862)十月病卒。《清史稿》有传。